Des modèles moléculaires virtuels, avec le logiciel Avogadro [MàJ 2013]
Article mis à jour le 16 janvier 2013. Deux remarques :
- La dernière version du logiciel n'est pas disponible par défaut en français. Lire le commentaire de Luc pour changer de langue.
- J'ai ajouté une vidéo pour montrer la recherche de conformères, et une autre pour la visualisation de conformations, toutes deux en fin d'article.
Un modèle en plastique, créé à partir d'une boite de modèles moléculaires
Hier, je vous présentais le logiciel Jmol, permettant d'afficher des modèles moléculaires en 3D. Suite à cet article, mon collègue Nicolas Morin nous a communiqué l'existence d'un logiciel proche, libre et gratuit, permettant de créer des molécules très facilement.
Il s'agit d'Avogadro, que vous pouvez trouver ici (cliquer sur GET AVOGADRO).
Le modèle virtuel de la molécule ci-dessus, créé avec le logiciel Avogadro
Les enseignants de sciences physiques qui cherchaient une boite de modèles moléculaires virtuelle, seront servis !
Voici une courte présentation du logiciel en vidéo (à afficher en plein écran) :
Une autre vidéo montrant une façon d'afficher des conformères :
et une dernière vidéo pour travailler sur les conformations autour d'une liaison carbone-carbone :
Commentaires
A noter que l'on peut changer la couleur du fond pour pouvoir utiliser la couleur noir pour les atomes de carbone et non pas Gris.
Bonjour,
Savez vous si on peut obtenir le nom de la molécule ou sa formule brute une fois fabriquée ? Merci
Merci pour cet article, et pour tout le site en général 
Un merveilleux outil que je vais tester très prochainement en classe.
Avogadron est trés interessant pour fabriquer et faire comprendre la structure des molécules, en particulier les conformères. mais j'ai un problème avec Window XP. J'ai fabriqué des modèles moléculaires, je les ai enregistrés, je pouvais retrouver ces modèles par un double clic sur l'icône correspondante, mais 2 jours aprés, l'icône a changé sans intervation de ma part et je ne peux plus rien ouvrir. Que puis-je faire?
Merci à F.Gély. Avec le bouton droit et Avogadro , impossible. Je voudrais bien savoir pourquoi. Mais cela marche en faisant glisser le fichier sur Avogadro ouvert.
Bonjour.
J'ai réussi à changer la couleur du fond.
Mais, comment changer la couleur des atomes ? (pour rendre les atomes d'hydrogène plus blancs et les atomes de carbone plus noirs).
Merci
Pour tout regrouper les différentes représentations des molécules, la nomenclature et plus, il existe une version freeware de ACD. http://www.acdlabs.com/home/
Bonjour,
je n'arrive pas à trouver la fonction pour le passer en francais.
Si quelqu'un peut m'aider ?
Merci
Bonjour,
J'ai contacté un membre de l'équipe qui développe avogadro et il m'a envoyé les traductions qui ne sont pas intégrées dans la version windows.
Vous pouvez trouver le dossier i18n à placer au bon endroit comme indiqué dans mon tp sur la page http://physique-chimie.gjn.cz/spip.php?article617
Le début se passe en 2D avec BKChem opensource et en français, le 3ieme onglet est consacré à Avogadro.
Cordialement,
Luc Tartier
Bonjour,
le logiciel peut-il représenter la représentation de Cram de la molécule que l'on créée ?
Merci de me répondre.
Bonjour,
Est-il possible de représenter les différentes conformations de l'éthane avec Avogadro ? Peut-on mettre en évidence la libre rotation autour de la liaison carbone/carbone ?
Merci.
J'ai suivi avec plaisir et profit votre vidéo sur le logiciel Avogadro.
> Pouvez-vous m'indiquer s'il est possible de télécharger d'autres molécules ou si il y a un moyen d'utiliser celles du chemical-structure. Merci.